Naruto e o novo Time 7 liderado por Neji recebem a missão de escoltar uma sacerdotisa ao Santuário Selado para evitar o renascimento de um ser maligno chamado Mouryou, que pretende criar o Reino Milenar, acabando com o mundo da forma como é atualmente conhecido. Assim, Naruto e a sacerdotisa Shion lutarão contra um tenebroso destino traçado pela profecia: A Morte.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo…!?

Naruto e seus amigos recebem a missão de escoltar uma actriz famosa, chamada Fujimi Yukihime para o País da Neve, o local de filmagem do seu novo filme, a sequela do último grande êxito cinematográfico. Aquando a sua chegada, fantasmas aparecem para tentarem afastar todos do local. Confusos relativamente ao motivo pelo qual alguém quereria impedir as filmagens, Naruto e os seus amigos prometem descobrir quem está por detrás de tudo.

Naruto, Shikamaru e Sakura estão numa missão para resgatar um animal de estimação. Porém, no meio da jornada, um enigmático menino com roupas de cavaleiro ordena um ataque contra eles. Por causa da dura batalha, os 3 estão cansados. Num último esforço para terminar a batalha. Naruto ataca com tudo, mas cai num penhasco juntamente com os inimigos. Shikamaru, para resgatá-lo, deve ser infiltrar num grande castelo, mas ao entrar no forte, depara-se com uma terrível situação...

Um misterioso grupo de ninjas faz um ataque surpresa a Konohagakure que provoca grande estrago. O pesadelo de outra Guerra Mundial Shinobi pode se tornar realidade. Sasuke, que ainda estava desaparecido de Konoha tentando eliminar seu irmão, Itachi, aparece pela segunda vez na frente de Naruto em um local desconhecido para evitar que a guerra aconteça.

Um príncipe do País da lua está viajando o mundo e precisa ser escoltado de volta pra sua ilha natal por Naruto, Kakashi, Sakura e Lee. O país da Lua parece ser realmente bem rico pois seu Príncipe tende a comprar tudo o que seu coração deseja, durante suas viagens o Príncipe precisa atravessar um grupo de circo que tem como atrativo um raro tigre dentes de sabre que ele simplesmente tem que ter!!! Então ele simplesmente compra o circo todo! E de repente uma missão para proteger um príncipe arruinado que não escuta nada do que dizem vira uma missão para cuidar de animais e um príncipe que não escuta nada do que dizem, e no final dar um jeito de voltar em segurança para sua terra natal. Ainda por cima surgem três misteriosos ninjas usando jutsus ameaçadores que estavam apenas a espera deles para recepciona-los…

Tsunade dá uma nova missão a Naruto, Sakura e Kakashi: perseguir e capturar o desertor ninja Mukade. O grupo de Kakashi começa sua jornada para as ruínas históricas de Ouran, localizada no país de Areia. Seu objetivo está dentro delas. Naruto entra no local para completar a missão, mas sem saber que neste lugar existe um poder oculto (ryuumyaku), que é invocado por Mukade e Naruto acaba sendo absorvido pela energia liberada.

Dezasseis anos atrás, um ninja mascarado invocou o Kyuubi, a raposa de nove caudas, em Konoha. Este ninja, cujo nome já se conhece no anime, Tobi, enfrentou o Quarto Hokage que tentava defender a aldeia. Minato, juntamente com Kushina, conseguiram salvar a aldeia, selando o Kyuubi dentro de Naruto. No entanto, no presente, Naruto e Sakura encontram-se novamente com Tobi e este usa o Tsukuyomi Limitado neles, uma técnica que transfere as vítimas para um universo paralelo. Cabe aos dois descobrirem uma forma de voltar ao mundo original.

A formatura aproxima-se para Yui, Ritsu, Mio e Tsumugi, as quatro alunas do 12º ano do Clube De Música Ligeira. Estas, em conjunto com Azusa, decidem fazer uma viagem de pós-graduação. O seu destino, por decisão unânime: Londres!

Passaram-se dois anos desde a Quarta Grande Guerra Ninja e o mundo encontra-se, por fim, em paz. Isto é, até outra ameaça assombrar novamente o planeta e deixá-lo à beira da destruição. Durante a eminente catástrofe, a irmã de Hyuuga Hinata, Hanabi, é raptada. Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata partem numa missão para a resgatar das garras de Outsutsuki Toneri. Ao se aproximarem cada vez mais do desfecho da missão, são obrigados a enfrentar diversos obstáculos que testarão a relação que têm um com o outro, além de terem o futuro do planeta nas suas mãos. O relógio não para e a equipa apressa-se para a batalha final, onde lutarão pela paz e pelo amor.

O espirituoso Boruto Uzumaki, filho do Sétimo Hokage Naruto, é um ninja habilidoso que possui a mesma ousadia e paixão que seu pai já teve. No entanto, a ausência constante de seu pai, que está ocupado com seus deveres de Hokage, abafa o fogo de Boruto. Ao saber que seu pai observará os aspirantes a ninjas que participarão dos próximos exames Chunin, Boruto se esforça para provar a ele que é digno de sua atenção. Para fazer isso, ele conta com a ajuda do amigo de infância e rival de Naruto, Sasuke Uchiha. Os exames Chunin começam e progridem suavemente, até que de repente, Konohagakure é atacado por um novo inimigo que ameaça a paz de longa data da aldeia. Agora enfrentando um perigo real, Naruto e seus companheiros devem trabalhar juntos para proteger o futuro de seu querido lar e derrotar o mal que aterroriza seu mundo. À medida que esta batalha acontece, Boruto percebe as lutas que seu pai já enfrentou e o que realmente significa ser um ninja.

Depois de ter sido falsamente acusado de tentativa de assassinato contra o líder do Kumogakure e de matar 2 jōnins Kirigakure e Iwagakure, Naruto é preso em Hōzukijō, um confinamento penal conhecido como o a prinsão de sangue. O capitão do castelo, Mui, utiliza a prisão para roubar os poderes dos presos. Neste lugar,naruto esta destinado a travar duras batalhas para sobreviver e tentar de alguma forma demonstrar a sua inocência aos seus amigos.