O sobrenaturalmente dotado jovem Touma alia-se à freira Index contra forças malignas que buscam poderosos textos mágicos implantados na mente de Index.

A história conta a vida de Natsume Tomoharu, um garoto de 15 anos, que vive ao lado do fantasma da sua amiga de infância. Num dia qualquer, ele repentinamente recebe uma poderosa arma de uma misteriosa mulher. Ela apenas pede a Natsume que use o objeto para salvar o mundo dos demônios. Para a infelicidade (ou felicidade) do rapaz, há uma série de outras garotas que começarão a aparecer tentando roubar a lendária arma do protagonista.

Mikoto usa a habilidade para controlar eletricidade para ajudar a manter a ordem na Cidade Académica, onde a maioria dos habitantes é composta por alunos com dotes místicos.

O sobrenaturalmente dotado jovem Touma alia-se à freira Index contra forças malignas que buscam poderosos textos mágicos implantados na mente de Index.