Em 2027, ano seguindo o fim da 4.ª Guerra Mundial não-nuclear, a jovem ciborgue Motoko Kusanagi deixa a organização federal clandestina para ajudar a criar uma nova unidade, a futura Secção 9. O oficial de Segurança Pública Amaraki Daisuke contrata Kusanagi Motoko, com ela está Batou "Olhos Que Nunca Dormem" que acredita que ela é uma criminosa, e também o Detetive Togusa de Niihama que investiga uma série de assassinatos de prostitutas e acredita que estão ligados ao incidente e ao Tenente-Coronel Kurts da Unidade 501, por isso fica de olho em Kusanagi.

Issei Hyoudou é um rapaz normal que frequenta uma academia que, até ao ano anterior, era um colégio particular para raparigas. Certo dia, Issei conhece uma rapariga que lhe pede para terem um encontro e ele aceita. Os dois começam a namorar e, certo dia, a rapariga revela ser um anjo caído e tenta matar Issei. No entanto, o jovem é salvo a tempo por Rias Gremory, presidente do Clube de Investigação do Oculto da sua escola, que na verdade é um demónio. Assim, Issei renasce para servir a rapariga que o salvou.