Menos de um ano depois de Geist ativar a Death Force, que dizimou a maioria da população da Jerra, ele manteve-se ocupado pelo desmantelamento das máquinas da Força Morte, um por um. A maior parte da população humana restante fugiu para um refúgio remoto dirigido por um senhor da guerra chamado Krauser. Krauser é outra unidade MDS, MD-01, que tem uma tecnologia que esconde sua fortaleza móvel da Força Morte. Quando ele encontra Geist, uma luta inicial tem lugar, onde Krauser derrota Geist, jogando-o de uma ponte da fortaleza em um abismo que é usado para descarte de resíduos.

Natsu e o seu grupo de poderosos magos lutam contra um príncipe maléfico que, na sua busca pela imortalidade, lançou uma antiga maldição.

O ano é 2034. Passaram-se dois anos desde que Motoko Kusanagi deixou a Secção 9. Togusa é agora o novo líder da equipa, que aumentou consideravelmente o seu pessoal nomeado. A nova Secção 9 confronta uma onda de incidentes complicados, e as investigações revelam que um hacker ultra sofisticado está por detrás de toda a série de eventos.