Três anos se passaram após a detonação da bomba que os habitantes de Hiroshima apelidaram de "Pika", devido ao som que fez ao ser detonada. No meio do caos e destruição, Gen continua avançando um dia após o outro. Entre alegrias e tristezas, ele faz o seu melhor tentando cumprir sua promessa feita ao seu falecido pai.

Uma grande explosão fez com que Tóquio fosse destruída, em 1988. Em seu lugar foi construída Neo Tóquio, que, em 2019, sofre com atentados terroristas por toda a cidade. Kaneda (Mitsuo Iwata) e Tetsuo (Nozomu Sasaki) são amigos que integram uma gangue de motoqueiros. Eles disputam rachas violentos com uma gangue rival, os Palhaços, até que um dia Tetsuo encontra Takashi (Tatsuhiko Nakamura), uma estranha criança com poderes que fugiu do hospital onde é mantido como cobaia. Tetsuo é ferido no encontro e, antes de receber a ajuda dos amigos, é levado por integrantes do exército liderados pelo coronel Shikishima (Tarô Ishida). A partir de então Tetsuo passa a desenvolver poderes inimagináveis, o que faz com que seja comparado ao lendário Akira, responsável pela explosão de 1988. Paralelamente, Kaneda se interessa por Kei (Mami Koyama), uma garota envolvida com espiões que tenta decifrar o enigma por trás das cobaias controladas pelo exército.

Três curtas dirigidos pelos mesmos nomes que trouxeram Metropolis, Ninja Scroll e Akira. Começa com "Labyrinth Labyrinthos" (Labirinto Labirintos), uma história de labirintos na mente de uma criança, dirigida por Rintaro. Em seguida, Yoshiaki Kawajiri dá nos "The Running Man" (O Corredor). Esta é uma fórmula um futurista que acontece em uma pista mortal. Por fim, Katsuhiro Ôtomo descreve uma luta para encerrar uma instalação totalmente automatizada em "Construction Cancellation Order" (Ordem de cancelamento de construção).

No seguimento de uma guerra nuclear, o mundo aproxima-se da aniquilação total. A civilização não existe como a conhecemos, e os mais fortes tiram proveito dos fracos. Para os que têm a sorte de sobreviver a esta brutalidade e perigo, resta-lhes uma vida miserável. A única esperança da humanidade é de encontrar um guerreiro capaz de liderar todos aqueles que sobreviveram a um novo mundo. Mas nesta terra de ninguém, de falsas pessoas e de pessoas sedentes de poder, os heróis são escassos.

A organização do mal "Black Ghost" Fantasma Negro está atacando em todo o mundo, usando robôs gigantes do tipo dinossauro (plesiossauro), e a equipe dos 9 ciborgues lança sua busca ao esconderijo da organização. 009 conhece uma garota chamada Helena.

A Organização Black Ghost captura 9 pessoas pelo mundo e as transforma em ciborgues (humanos com partes de robôs). Entre eles está Joe Shimamura, um habilidoso piloto japonês, que se torna o Cyborg 009, o mais forte de todos. Com a ajuda do Professor Gilmore, os ciborgues fogem das garras da Organização e lutam para acabar com seus planos malignos.

Enquanto se desfazia de uns livros, Senbei Norimaki encontra uma fita de vídeo de seu falecido pai, que ensina a fazer uma fórmula para fazer uma garota se apaixonar loucamente por uma pessoa. Senbei, Arale e Gatchan terão que ir até Wonder Island, uma ilha completamente biruta, para conseguir um ingrediente essencial para a fórmula: uma lágrima do Grande Rei Demônio Gyaska!

Ash e seus amigos chegam a um parque apenas para Pokémons. Depois de Ash pedir para Pikachu tomar conta de Togepi, eles entram num dia de brincadeiras e relaxamento.

Quando os mares da Terra se extinguiram, todos afirmaram que a humanidade teve seu tempo... Houve, porém, alguns que voltaram os olhos para o mar infinito que se abria sobre suas cabeças e, deplorando o caminho que haviam trilhado à humanidade, acreditaram com fé inabalável num futuro novo e brilhante para os homens... Foram eles que partiram então para esse novo mar infinito: o Espaço. As pessoas zombavam desses homens que, em uma demonstração de coragem incomparável, embarcaram em uma nova aventura. Eles os chamavam de delirantes e consideravam que estavam fora da lei por perseguir um sonho impossível... Essa é uma história daquela época... Era o ano de 2977...

A cidade de Hayato é devastada por um robô gigante. Hayato procura vingar-se de quem comandava o robô: o terrível Navio Fantasma.