Num futuro distante, um mundo pós-apocalíptico depois da destruição causado pelo Armageddon. A guerra entre humanos (Terran) e vampiros (Methuselah) continua, com uma disputa entre duas facções: o Vaticano e o Império Neo-Humano. Apesar do derramamento de sangue e da violência, muitos anseiam por uma coexistência pacífica entre as duas espécies. Entretanto, entre estes e esse objetivo está a Ordem de Rosenkreuz, um grupo de vampiros extremistas que manipulam os dois lados e colocam-os um contra os outros. Para combatê-los, o grupo "AX", de Operações Especiais do Vaticano, liderado pela Cardeal Caterina; precisa usar de todas as suas armas - até mesmo um vampiro que se alimenta do sangue de outros vampiros.

Honey and Clover conta o dia-a-dia de um grupo de estudantes de Artes de Tóquio: Takemoto, Mayama, Morita, Hagu e Yamada; cada um com os seus sonhos, habilidades artísticas e personalidades distintas. E através da sua convivência desenvolvem-se mais do que simples amizades. A série mostra o desenvolvimento deste grupo até à sua saída da universidade, entre triângulos amorosos, comédia genial e reflexões sobre os aspectos mais mundanos da vida através duma perspectiva verdadeiramente cativante. Afinal, quem somos nós, se não nos descobrirmos a nós próprios e aquilo que mais desejamos?

Quando quatro jovens feiticeiros se juntam e trabalham um pouco por todo o reino, criam um elo mais poderoso do que qualquer magia e ficam mais fortes a cada missão.

Haruki Kitahara, um dos últimos membros da Associação de Música Ligeira, costuma ir tocar e praticar guitarra para a sala de música um, à beira da janela. Na sala de música dois existe um estudante de música que o costuma acompanhar com o piano. Um dia, quando tocavam os dois, uma voz junta-se a eles e começa a cantar o tema “White Album”. Haruki deixa de estar só e começa a viver a vida escolar que sempre desejou.

Quando quatro jovens feiticeiros se juntam e trabalham um pouco por todo o reino, criam um elo mais poderoso do que qualquer magia e ficam mais fortes a cada missão.