Três anos após os sobreviventes do primeiro "Battle Royale" terem escapado da ilha, vamos encontrar Nanahara e Nakagawa, à frente de um grupo terrorista internacional anti-BR e antigoverno. Declarando guerra a todos os adultos que apoiaram a Lei BR o grupo lança um ataque devastador a Tóquio. Em nome da Justiça, o governo riposta criando a Lei Anti Terrorismo do Milénio ou BR-II, um "jogo" com regras novas e mais cruéis. Um ano mais tarde, uma turma de 42 alunos do 9º ano é sequestrada, obrigada a vestir fardas da tropa e a colocar coleiras eletrónicas mortais. O professor informa-os que foram escolhidos para o BR-II, um novo jogo de guerra contra o terrorismo. "Tem 72 horas para descobrir e matar Nanahara se quiserem ganhar e sobreviver." Um dos alunos recusa-se a participar e é morto ali mesmo. Sob as novas regras, a coleira de uma aluna é ativada, matando-a de imediato. Agora só faltam 40... Os restantes são enviados para as linhas da frente da "guerra contra o terror".

Em 2084 a humanidade aposta todas as fichas em uma mulher que deve salvar o mundo da invasão de uma raça alienígena. Para isso ele terá que voltar a 2002, quando tudo começou e onde conhece um misterioso mercenário. Juntos eles se infiltram em uma base do governo e descobrem o porquê da invasão.