É o ano de 1641, dois clãs ninjas, o da terra de Koga e o de Iga. Ambos são inimigos, mas têm um acordo de não entrar em guerra um com o outro. Os herdeiros dos líderes de ambas vilas se apaixonam sem saber que um é inimigo do outro por causa das tradições dos clãs. Mas um trágico destino espera o casal, é lançada uma maldição sobre a existência das famílias que coloca as duas vilas uma contra a outra. Os melhores ninjas de Koga e Ida são escolhidos para lutar uns contra os outros e Gennosuke Albora, o casal apaixonado, é colocado frente a frente aos inimigos. Por séculos eles vivem em guerras da escuridão, com estranhos poderes e habilidades, vivem somente para batalha, eles são Shinobi.

O Piloto de caça Maki e dado como morto apos uma colisão com um misterioso meteoro. Mais tarde e misteriosamente é encontrado vivo. Ao mesmo tempo um misterioso monstro assola toquio e destroi tudo em seu caminho, esse poderoso monstro se chama THE ONE, e absorve o poder dos diversos animais que encontra no. Poderá Maki descobrir a tempo que pode parar este misterioso monstro?

A missão assassina continua... "Um filme de artes marciais com cena de luta e coreografias impressionantes." Baseado na popular manga de Yu Koyama, o realizador Shusuke Kaneko dirige a sequela de Azumi - A Assassina retomando o ponto em que o filme originai de Ryuhei Kitamura terminou. Azumi (Aya Ueto) e o seu amigo Nagara (Yuma Ishigaki, Battle Royal II) continuam a tentar libertar o Japão dos senhores da guerra e a restabelecer a paz no pais. Apanhada no seio de um conflito governamental, a dupla é recrutada por Tenkai-Sama para assassinar um oficial rival, o diabólico Masayuki Sanada. Sem opção, Azumi vai cumprir a sua missão e desembainhar mais uma vez o sabre. Depois de sangrentos combates, tudo se complica quando tem de enfrentar um bando de assassinos profissionais que, por acaso. tem um membro muitíssimo parecido com Nachi (Oguri Syun), o falecido grande amigo dela.