Uma espetacular jornada de um relutante jovem herói por um passado misterioso cheio de monstros, dragões e estranhos poderes ocultos. Através de uma série de batalhas e aventuras de outro mundo, Jun, um estudante tímido, é transformado em um herói destinado a combater o mal e a garantir harmonia e tranquilidade no mundo.

Depois de ter sido falsamente acusado de tentativa de assassinato contra o líder do Kumogakure e de matar 2 jōnins Kirigakure e Iwagakure, Naruto é preso em Hōzukijō, um confinamento penal conhecido como o a prinsão de sangue. O capitão do castelo, Mui, utiliza a prisão para roubar os poderes dos presos. Neste lugar,naruto esta destinado a travar duras batalhas para sobreviver e tentar de alguma forma demonstrar a sua inocência aos seus amigos.

O espirituoso Boruto Uzumaki, filho do Sétimo Hokage Naruto, é um ninja habilidoso que possui a mesma ousadia e paixão que seu pai já teve. No entanto, a ausência constante de seu pai, que está ocupado com seus deveres de Hokage, abafa o fogo de Boruto. Ao saber que seu pai observará os aspirantes a ninjas que participarão dos próximos exames Chunin, Boruto se esforça para provar a ele que é digno de sua atenção. Para fazer isso, ele conta com a ajuda do amigo de infância e rival de Naruto, Sasuke Uchiha. Os exames Chunin começam e progridem suavemente, até que de repente, Konohagakure é atacado por um novo inimigo que ameaça a paz de longa data da aldeia. Agora enfrentando um perigo real, Naruto e seus companheiros devem trabalhar juntos para proteger o futuro de seu querido lar e derrotar o mal que aterroriza seu mundo. À medida que esta batalha acontece, Boruto percebe as lutas que seu pai já enfrentou e o que realmente significa ser um ninja.