Num futuro distante, um mundo pós-apocalíptico depois da destruição causado pelo Armageddon. A guerra entre humanos (Terran) e vampiros (Methuselah) continua, com uma disputa entre duas facções: o Vaticano e o Império Neo-Humano. Apesar do derramamento de sangue e da violência, muitos anseiam por uma coexistência pacífica entre as duas espécies. Entretanto, entre estes e esse objetivo está a Ordem de Rosenkreuz, um grupo de vampiros extremistas que manipulam os dois lados e colocam-os um contra os outros. Para combatê-los, o grupo "AX", de Operações Especiais do Vaticano, liderado pela Cardeal Caterina; precisa usar de todas as suas armas - até mesmo um vampiro que se alimenta do sangue de outros vampiros.

Durante as férias, 8 meninos e 7 meninas encontram, em uma gruta perto do mar, um homem chamado Kokopelli, que diz ser o programador de um novo jogo em que um grande robô precisa defender a terra contra quinze invasões alienígenas. Ele então convence as crianças a testarem o jogo sem que elas saibam que, para pilotar o robô, é necessário sacrificar a própria vida. E o pior, o jogo é real! Pouco tempo depois, eles acordam misteriosamente na costa acreditando que tudo não passou de um sonho.... e o jogo começa. (Fonte: Animax)

A história conta a vida de Natsume Tomoharu, um garoto de 15 anos, que vive ao lado do fantasma da sua amiga de infância. Num dia qualquer, ele repentinamente recebe uma poderosa arma de uma misteriosa mulher. Ela apenas pede a Natsume que use o objeto para salvar o mundo dos demônios. Para a infelicidade (ou felicidade) do rapaz, há uma série de outras garotas que começarão a aparecer tentando roubar a lendária arma do protagonista.

Em um mundo após a morte, anjos lutam por seus destinos e futuro. Yuri a líder de um grupo de rebeldes que luta contra o Deus que a destinou a ter uma vida sem propósito. Por outro lado, Tenshi, a presidente do conselho estudantil do outro mundo luta contra os membros do batalhão. Os membros do batalhão utilizam armas para lutar contra anjos e seus poderes sobrenaturais.