Um grupo de garotos luta contra seres de outros mundos para salvar o planeta.

Jinta, um rapaz sedentário, é surpreendido pela visita de uma amiga de infância que já tinha morrido, a Menma. Ela pede para realizar-lhe um desejo e ele decide partilhar com o grupo de amigos da sua infância. A história conta como o grupo reage ao regresso da Menma e como irão realizar o seu desejo.

Mikoto usa a habilidade para controlar eletricidade para ajudar a manter a ordem na Cidade Académica, onde a maioria dos habitantes é composta por alunos com dotes místicos.

Alyssa é uma bruxa que vive sozinha na floresta, e num certo dia encontra uma bebê humana. Apesar do desafio, ela dá o nome de "Viola" à criança e decide criá-la. 16 anos depois, Viola cresceu muito mais do que Alissa jamais imaginou... Mas espere, ela cresceu demais! E assim começa a caótica comédia de uma mãe e uma filha com aparências invertidas!

Oreki Houtarou é um estudante minimalista. Um dia, ele entra para o Clube de Literatura Clássica a pedido da sua irmã mais velha. Lá, conhece Chitanda Eru, uma rapariga bonita e calma, mas que se transforma na personificação da curiosidade quando diz: “Estou curiosa! (Watashi, kininarimasu!)”. Fukube Satoshi é o melhor amigo de Houtarou e um rapaz alegre com uma memória fantástica, apelidando-se de base de dados. Ibara Mayaka é uma rapariga pequena e rigorosa com os outros e consigo mesma. Os quatro começam a investigar um caso que ocorreu há 33 anos, onde as pistas do mistério se encontram enterradas numa colecção antiga de trabalhos dos antigos membros do Clube de Literatura Clássica. Essa colecção chama-se “Hyouka”.