Num futuro próximo, o Japão está à beira de um colapso económico. Milhões de pessoas encontram-se desempregadas, e não existe qualquer disciplina nas escolas. Como resposta à crise, o governo institui o programa Battle Royale para tentar controlar a crescente vaga de crimes juvenis. Depois de selecionada aleatoriamente uma turma de quarenta rapazes e raparigas com 15 anos, estes são raptados e enviados para uma ilha no meio do nada. Os estudantes são então obrigados a participar num jogo mortal sem regras, onde lhes é dada apenas uma arma, água e três dias para lutarem até à morte, até que um único sobrevivente saia vencedor. E se mais do que um estiver vivo depois do tempo limite, todos os concorrentes serão mortos.

Três anos após os sobreviventes do primeiro "Battle Royale" terem escapado da ilha, vamos encontrar Nanahara e Nakagawa, à frente de um grupo terrorista internacional anti-BR e antigoverno. Declarando guerra a todos os adultos que apoiaram a Lei BR o grupo lança um ataque devastador a Tóquio. Em nome da Justiça, o governo riposta criando a Lei Anti Terrorismo do Milénio ou BR-II, um "jogo" com regras novas e mais cruéis. Um ano mais tarde, uma turma de 42 alunos do 9º ano é sequestrada, obrigada a vestir fardas da tropa e a colocar coleiras eletrónicas mortais. O professor informa-os que foram escolhidos para o BR-II, um novo jogo de guerra contra o terrorismo. "Tem 72 horas para descobrir e matar Nanahara se quiserem ganhar e sobreviver." Um dos alunos recusa-se a participar e é morto ali mesmo. Sob as novas regras, a coleira de uma aluna é ativada, matando-a de imediato. Agora só faltam 40... Os restantes são enviados para as linhas da frente da "guerra contra o terror".