Ash e Pikachu viajam até à cidade futurista de Larousse. Aí, encontram Tory, um novo amigo, e deparam-se com Deoxys, um Pokémon nunca antes visto!

A megacorporação Grupo Daedalus está sob ataque de um pequeno grupo de ativistas conhecido como Fantasma de Ícaro. Enquanto cuida de algumas das vítimas do atentado, Black Jack encontra a Dra. Kiriko, também conhecida como Morte Encarnada, que assim como ele, pede enormes somas de dinheiro a seus pacientes, mas em vez de salvá-los, oferece-lhes uma morte sem dor. Quando o grupo ativista solicita a colaboração de ambos os médicos, Black Jack se vê preso em uma espiral de vida, morte e traição enquanto tenta salvar a vida de seus pacientes e evitar o início de uma guerra biológica que poderia destruir a humanidade.

Num futuro próximo, o Dr. Tokita inventa um poderoso aparelho chamado DC-Mini, que torna possível o acesso aos sonhos das pessoas. Sua colega, a Dra. Atsuko Chiba, psicoterapeuta e pesquisadora de ponta, desenvolve um tratamento psiquiátrico revolucionário a partir do aparelho. Mas antes de seu uso ser sancionado pelo governo, o DC-Mini é roubado. Quando vários dos pesquisadores do laboratório começam a enlouquecer e a sonhar em estado de vigília, Atsuko assume seu alter-ego, Paprika, a bela “detetive de sonhos”, para mergulhar no mundo do inconsciente e descobrir quem está por trás da tragédia.