The Twelve Kingdoms conta a história da esforçada estudante Yoko Nakajima, que tenta levar uma vida normal, mas com seus freqüentes pesadelos e os cabelos vermelhos, sofre por não se sentir parte da turma. Um estranho homem chamado Keiki se apresenta para Yoko, lhe promete lealdade e a leva, juntamente com duas colegas de classe, para um outro mundo, onde a protagonista descobre que é rainha do reinado de Kei. Lá elas se perdem de Keiki e o status de ‘Kaikyaku’ (pessoas vindas da Terra) as tornam fugitivas. Yoko começa então sua jornada de espionagem, terror e traição na terra dos 12 reinos. A mística desta dúzia de reinos assombra a personagem principal com um desafio após o outro. (Fonte: Animax)

Kenzou Tenma tem uma habilidade inacreditável como cirurgião cerebral, uma noiva linda e rica e uma promissora carreira. Entretanto, após ficar desiludido com as políticas impostas em seu hospital, decide salvar a vida de um jovem garoto que foi baleado na cabeça a salvar a vida do prefeito da cidade, já que o garoto havia chegado primeiro, contrariando o alto escalão do hospital. Por conseqüência, perde o apoio que tinha do diretor do hospital, assim como sua posição no hospital e sua noiva. Pouco tempo depois, o diretor do hospital e os médicos que o substituíram são misteriosamente assassinados e mais uma vez ele volta para o topo onde estava. Mas como suspeito de chefiar os assassinatos, Tenma inicia um processo para limpar seu nome e corrigir os erros do passado, indo ao fundo desses e outros assassinatos e investigar a verdade atrás do monstro por de trás de tudo isso.