Alice, agora com 19 anos, regressa ao excêntrico mundo que encontrou pela primeira vez quando era criança reunindo-se assim com os seus amigos de infância: o Coelho Branco, Tweedledee e Tweedledum, a Ratazana, a Lagarta, o Gato Cheshire, e claro, o Chapeleiro Louco. Alice embarca numa fantástica viagem para encontrar o seu verdadeiro destino e acabar com o reino de terror da Rainha Vermelha...

Alice passou os últimos anos a seguir as pisadas do pai e a navegar em alto mar. Ao regressar a Londres descobre que a mãe se havia endividado e perdido o controlo da firma familiar para Hamish que agora, por vingança, exige a venda do navio de modo a liquidar as dívidas restantes. Nestes entrementes, ao passar um espelho, regressa ao fantástico País das Maravilhas onde vai ter de ajudar o Chapeleiro Louco, que está a morrer de tristeza após descobrir que a sua família, dada como morta, pode afinal estar viva. A única forma de o descobrir é viajar para o passado, o que requer o uso da Cronosfera, mecanismo que o Tempo guarda ciosamente no seu castelo, onde Alice terá de ir, numa verdadeira corrida contra o tempo.