Segue o dia a dia de uma equipa de Agentes Especiais de Elite que opera fora da cadeia de comando militar. Liderada pelo Agente Especial Leroy Jethro Gibbs, um investigador hábil e duro que está disposto a contornar as regras para ver o trabalho feito, esta equipa muito unida viaja pelo mundo investigando tudo, desde homicídio e espionagem até terrorismo e rapto.

Segue uma equipe do NCIS que investiga casos criminais envolvendo militares em The Big Easy, uma cidade conhecida por sua música, entretenimento e decadência.