Os G.I. Joe enfrentam um novo inimigo, uma sociedade antiga de homens serpentes conhecidas como Cobras, que tentam forçadamente retomar a Terra daqueles que os comandavam tempos atrás. O líder dos Cobras, Golobulus, manda um comandante Cobra e suas forças para roubar o transmissor de energia dos G.I. Joe, mas falham na missão. Golobulus e os Cobras necessitam do transmissor porque é a única fonte de energia que é quente o bastante para amadurecer os pods que eles estão prestes a lançar na atmosfea terrestre e transformar a humanidade em sua sociedade perfeita. Os G.I. Joe, então juntam suas forças para impedir esse lançamento e preservar a humanidade.

A guerra entre Autobots e Decepticons evidencia-se cada vez mais, e numa missão dada por Optimus Prime aos Autobots, a sua nave é atacada por Megatron e pelos Decepticons. Quando será que esta guerra terá fim, e quem a vencerá?