Dez anos depois da grande luta, Munakata Hiroya líder do grupo yakuza Munakata-gumi se reúne com Takashi, seu irmão mais novo, após a sua libertação da prisão. Quando a filha de Takashi, Hyuga foge de casa, em protesto contra o ver seu pai, os dois, juntamente com o subordinado de Munakata, Shinya vçao para ilha Zeni atrás dela, onde eles encontram algo que eles nunca esperavam.

Dez anos depois da grande luta, Munakata Hiroya líder do grupo yakuza Munakata-gumi se reúne com Takashi, seu irmão mais novo, após a sua libertação da prisão. Quando a filha de Takashi, Hyuga foge de casa, em protesto contra o ver seu pai, os dois, juntamente com o subordinado de Munakata, Shinya vçao para ilha Zeni atrás dela, onde eles encontram algo que eles nunca esperavam.

Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.