A disputa entre Peter Rabbit e o Sr. Gregório pela horta aumenta quando ambos passam a rivalizar pela atenção da bondosa vizinha. Peter, com a ajuda do seu primo Casimiro e das suas irmãs trigémeas Flopsy, Mopsy e Rabinho-de-Algodão, vai meter-se em divertidas aventuras.

Bea, Thomas e os coelhos criaram uma família improvisada, mas, apesar dos seus melhores esforços, Peter parece não conseguir apagar o seu passado de traquinices. Aventurando-se fora do jardim, Peter dá por si num mundo onde as suas travessuras são apreciadas, mas quando a sua família arrisca tudo para procurá-lo, Peter tem de descobrir que tipo de coelho ele quer ser.

Uma pequena ilha na Austrália, chamada Middle Island, praticamente desabitada, tem como um de seus animais nativos pequenos pinguins que vivem ao redor da costa. Porém, ela começaram a ser massacradas por raposas que descobriram suas colônias e estavam fazendo o maior estrago. Mas um fazendeiro que mora por ali teve uma ideia para proteger as pequenas aves, treina seu cão Oddball para protege-las.