Em Pandorum - Universo Paralelo, dois astronautas acordam numa câmara de hipersono, a bordo de uma nave espacial, que aparentemente se encontra abandonada. Reina a escuridão, eles estão desorientados e o único som que escutam é o baixo burburinho e ranger do núcleo da nave espacial. Não se conseguem recordar de nada - quem são, qual a sua missão? A única saída da câmara é uma conduta de ar estreita e escura. O cabo Bower, o mais jovem dos dois, trepa a conduta, enquanto o segundo, o tenente Payton, fica atrás a disponibilizar coordenadas através de um transmissor rádio. À medida que Bower se aventura, cada vez mais no interior da nave, começa a descobrir uma terrível realidade. A pouco e pouco, os segredos mortais e chocantes que alberga acabam por desvendar-se e os astronautas apercebem-se que a sobrevivência da raça humana depende das suas acções.

Uma ameaça paira sobre a Terra. E, desta vez, a guerra é de tal magnitude que nem a tecnologia de ponta dos Transformers, liderados por Optimus Prime, poderá ser suficiente para a travar. É então que a NASA revela algo que poderá mudar o curso dos acontecimentos: a descoberta, há 40 anos, de uma nave cibertrónica despenhada em território lunar. Assim, os super-robôs e Sam Witwicky, seu amigo e parceiro de combate, vão tentar alcançar a nave abandonada e, numa réstia de esperança, adquirir a tecnologia necessária para se fortalecerem. Isto, antes que seja demasiado tarde...