Passaram dez anos desde o Verão em que o Tai, o Agumon e os outros viveram a sua aventura no Mundo Digital. A existência das Crianças Eleitas tem sido gradualmente reconhecida pelo mundo inteiro, e ver Digimon no mundo real tornou-se em algo menos invulgar. E agora, os amigos seguiram os seus próprios caminhos. Entretanto, quando um Digimon chamado Eosmon começa a causar incidentes por todo o mundo às Crianças Eleitas, Menoa e Imura, especialistas que estudam os Digimon, pedem ajuda ao grupo.

Em 2012, após os eventos de Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, os DigiDestined do início da idade adulta – Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari e Ken – devem conciliar suas novas responsabilidades com seus parceiros Digimon. Mas Rui Owada, um jovem misterioso, aparece, afirmando ser o primeiro humano a fazer parceria com um Digimon-Ukkomon. Será que Rui foi mesmo o primeiro DigiDestined?