As máquinas estão a preparar o embate decisivo contra os humanos rebeldes e preparam-se para a invasão de Zion. Para muitos, a última esperança é a defesa da cidade até ao último homem. Porém, para Trinity, Morpheus e outros, é em Neo que reside a derradeira oportunidade para a raça humana. Assim, Neo e os tripulantes da nave de Morpheus partem em busca do "Chaveiro", um programa antigo que pode facilitar-lhes o acesso ao centro da Matrix, mas que está prisioneiro de outro programa, o francês Merovingian.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo fica preso num local entre a Matrix e a realidade, enquanto Trinity e Morpheus o tentam ajudar a libertar-se no mundo real através da Oráculo. Após obterem sucesso no resgate, o trio divide-se: enquanto Morpheus parte rumo a Zion para ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity vão à cidadela das máquinas para contra-atacar.

A produtora da CBS Mary Papes (Cate Blanchett) juntamente com o âncora Dan Rather (Robert Redford) suspeitam de que o presidente George W. Bush foi um dos muitos jovens privilegiados que usou os seus contatos para não combater na Guerra do Vietnã. Armando uma exposição, os dois pretendem levar a história ao ar, mas o fato só começa uma guerra entre o poder constituído na tentativa de tirar o crédito das informações, o que abala o emprego dos dois contratados da CBS, quase altera as eleições e quase leva toda a CBS News abaixo.

O sonho do jovem Desmond T. Doss de se tornar médico é adiado devido aos escassos meios financeiros da família. Empenhado em salvar vidas, alista-se no Exército norte-americano para cumprir o que considera ser sua obrigação: ajudar os combatentes da Segunda Grande Guerra, mesmo sabendo que as suas convicções pessoais e religiosas o impossibilitam de possuir uma arma ou matar um inimigo. Como pode um soldado lutar pelo seu país sem protecção? Doss tenciona dar o seu contributo integrando a unidade médica e salvando as vidas dos soldados feridos em combate. Apesar do desdém e preconceito de alguns dos seus colegas, que vêem a sua atitude como um acto de cobardia, será durante a batalha de Okinawa (no Japão), sem pegar em armas ou disparar um tiro, que mostrará a sua bravura.

Na terra dos pinguins-imperador não és ninguém se não souberes cantar, mas Mumble não podia ser mais desafinado do que já é. Porém, nasceu com o dom de saber dançar sapateado. A mãe, Norma Jean, até acha graça mas o pai acha que não é uma coisa própria de um pinguim. E os dois sabem que sem uma canção de amor Mumble nunca conseguirá uma companheira para a vida.