Naruto e o novo Time 7 liderado por Neji recebem a missão de escoltar uma sacerdotisa ao Santuário Selado para evitar o renascimento de um ser maligno chamado Mouryou, que pretende criar o Reino Milenar, acabando com o mundo da forma como é atualmente conhecido. Assim, Naruto e a sacerdotisa Shion lutarão contra um tenebroso destino traçado pela profecia: A Morte.

A cada três mil anos, um demônio vem ao nosso mundo com o intuito de promover o equilíbrio dos três reinos: O dos demônios, dos homens e o dos semi-demônios (metade humanos). O metade homem e metade demônio Amano vem à nossa realidade à procura do Deus Supremo, que irá despertar a qualquer momento. Com cenas de conteúdo erótico explícito.

Criado pelo célebre mestre da animação Katsuhiro Otomo (Akira, Roujin Z), 'Memories' consiste em três histórias cada uma com um estilo surpreendente. 'Magnetic Rose' (Rosa Magnética) dirigida por Koji Morimoto (Animatrix) e baseada em um curta de Otomo, fala sobre dois viajantes espaciais que, seguindo um sinal de SOS, acabam sendo levados para um mundo magnífico criado pelas memórias de uma mulher. Tensai Okamura (Wolf's Rain) dirige 'Stink Bomb' (Bomba Fedorenta), onde um jovem químico acidentalmente se transforma em uma arma biológica implacável pronta para atingir Tóquio. 'Cannon Fodder' (Carne para Canhão) de Otomo mostra um dia da vida de uma cidade que tem como único propósito disparar canhões em inimigos desconhecidos.