Há 26 anos, numa sala de aula do terceiro ano de uma escola média, houve uma aluna chamada Misaki. Como uma estudante de honra que também se destacava em desportos, ela era popular com os colegas de classe. Quando ela morreu de repente, os seus colegas decidiram continuar como se ela ainda estivesse viva até a formatura. Então, na primavera de 1998, um garoto chamado Sakakibara Kouichi transfere-se para a classe e ele começa a suspeitar da atmosfera terrível que pairava na sala de aula. Em particular, há uma garota bonita e distante chamada Mei Misaki que usa um tapa-olho e está sempre sozinha desenhando retratos.

É sobre Arata Miyako, um recém funcionário do governo, que foi contratado para o Departamento de Relações Regionais Nocturnas ligado ao escritório do bairro de Shinjuku. Existe um departamento para cada um dos 23 bairros de Tokyo. Na verdade, são gabinetes criados com o intuito de resolver os acontecimentos paranormais e relacionados com o ocultismo em cada uma destas zonas. Arata foi contratado por ser capaz de entender linguagens não humanas que mais ninguém consegue.

No ano 2050, quando o engenheiro de desenvolvimento Derrida acorda no futuro após sua uma hibernação, mas percebe que sua namorada não estava lá, então ele decide voltar 10 anos no tempo para “aquele incidente” para manter a sua promessa com ela. A chave para trazer-la de volta éb o salto temporal.

Quando um reino cai nas mãos de tiranos, a princesa deposta inicia uma missão para encontrar um grupo de antigos cavaleiros maléficos para a ajudarem a recuperar o reino.

Na cidade de Most City, uma editora reside no segundo andar de um prédio antigo. A equipe publica uma revista científica mensal sobre os fenômenos mais chocantes que até os cientistas consideram impossíveis. O belo editor-chefe, Taro, é auxiliado pelo aluno Jiro e seu cachorro, Saburo. Mas quando o cientista Goro Sato procura a ajuda deles, isso dá início a uma nova história bizarra…