Após matar Jean Grey, tomada pela Fénix Negra, Logan afasta-se dos X-Men e retira-se para fazer o seu luto. Ali é encontrado por Yukio, uma japonesa enviada para o encontrar e levar para Tóquio a fim de se despedir de Yashida, um idoso milionário que Logan salvou em 1945, e que está agora a morrer. Ele pede-lhe que proteja a sua neta e herdeira, Mariko, da Yakuza, a máfia japonesa. Mas a verdadeira razão da viagem de Wolverine não é essa e há alguém interessado em algo que Logan traz: o seu factor de cura e invulnerabilidade.

Quinze anos após um trágico acidente numa central nuclear japonesa, a humanidade descobre uma verdade escondida: que há monstros colossais, mais antigos que a Humanidade, e que já foram os senhores da Terra. Enquanto a maioria está adormecida, a vida humana encontra-se indefesa perante o ataque de algumas criaturas que despertaram. Cabe ao monstro mais famoso do mundo restaurar o equilíbrio, mas primeiro os humanos precisam de aprender a confiar nele.

Em Tóquio de 1989, Lucy Fly, uma misteriosa estrangeira assombrada por um passado doloroso, entra em um intenso relacionamento com Teiji, um fotógrafo local com problemas semelhantes. A aparente paz de espírito de Lucy começa a ser testada quando uma recém-chegada, Lily Bridges se envolve em suas vidas.

Henk Rogers descobre o Tetris em 1988 e arrisca tudo quando viaja para a URSS, onde se junta a Alexey Pajitnov para trazer o jogo para o mundo.