Após um pedido de ajuda da Imperatriz-Menina, Bastian vai voltar ao reino de Fantasia para tentar salvar o reino do Vazio, uma força que destrói tudo e que é controlada pela pérfida bruxa Xayide. Para tal, vai contar com a ajuda dos companheiros de sempre: o guerreiro Atreyu e o dragão-da-sorte Falcor, além do Comedor de Pedras, agora pai de um pequeno e irrequieto filhote.

As Tartarugas Ninja têm que voltar a enfrentar o vilão Shredder, que planeia usar o mesmo líquido verde usado para criá-las para produzir novos mutantes, que serão usados para atacar os humanos e a elas próprias.