Passaram-se quinhentos anos desde que a humanidade foi extinta pelas mãos de temíveis “Feras”. Mesmo até nos céus, onde as raças sobreviventes habitam em ilhas flutuantes, essas monstruosidades ameaçam constantemente trazer morte e destruição. Apenas um pequeno grupo de jovens pode empunhar as armas antigas necessárias para derrotar estas criaturas. Nas vidas instáveis e fugazes destas meninas, onde uma chamada para a morte certa pode vir a qualquer momento, surge uma personagem improvável: um jovem que perdeu tudo há quinhentos anos, o último ser humano vivo que despertou de um longo e gelado sono.

"Hundred" é a única arma capaz de enfrentar a misteriosa forma de vida chamada "Savage" que está visitando a Terra. Kisaragi Hayato, deseja se tornar um Mestre de Artes Marciais usando a Hundred. Ele conseguiu entrar na universidade de batalha Little Garden. Próximo a Emil Crossford, a sua colega de classe, que estranhamente o conhece bem, Hayato fica desconfortável. Além disso, logo após a cerimonia de apresentação, ele é desafiado para um duelo pela Mestre de Artes Marciais mais forte do Campus, a "Rainha" Claire Harvey. Começa aqui a maior academia de batalha!