A fantasia sombria segue o estudante do segundo ano do ensino secundário chamado Akihito Kanbara. Embora a sua aparência seja a de um humano, na verdade ele é metade Youmu e invulnerável aos ferimentos, uma vez que consegue curar-se rapidamente. Um dia, Akihito encontra a caloira Mirai Kuriyama quando parece que esta se vai atirar do telhado da escola. A Mirai é uma rapariga isolada devido à sua habilidade em controlar o sangue, algo único, mesmo entre os membros do mundo espiritual. Eventos perturbadores começam a acontecer após Akihito salvar Mirai.

A história desenrola-se um ano após os acontecimentos do final da série/1º filme. Mirai perdeu a sua memória, bem como todas as lembranças que envolviam Akihito. Numa tentativa de se lembrar quem é, uma nova ameaça surge tendo-a como alvo. Akihito, mais uma vez, lutará juntamente com os seus amigos para proteger Mirai. Será que Mirai irá recuperar a sua memória?