As máquinas estão a preparar o embate decisivo contra os humanos rebeldes e preparam-se para a invasão de Zion. Para muitos, a última esperança é a defesa da cidade até ao último homem. Porém, para Trinity, Morpheus e outros, é em Neo que reside a derradeira oportunidade para a raça humana. Assim, Neo e os tripulantes da nave de Morpheus partem em busca do "Chaveiro", um programa antigo que pode facilitar-lhes o acesso ao centro da Matrix, mas que está prisioneiro de outro programa, o francês Merovingian.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo fica preso num local entre a Matrix e a realidade, enquanto Trinity e Morpheus o tentam ajudar a libertar-se no mundo real através da Oráculo. Após obterem sucesso no resgate, o trio divide-se: enquanto Morpheus parte rumo a Zion para ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity vão à cidadela das máquinas para contra-atacar.

Em Los Angeles, uma das cidades mais multi-étnicas dos Estados Unidos, misturam-se várias histórias de personagens diferentes e sem nada em comum, numa mistura que tem por cimento a forma como todos se julgam uns aos outros sem se conhecerem, baseados maioritariamente em preconceitos de cor, de raça e de etnia.

É véspera de Natal e um rapaz está acordado. Sem acreditar no Pai Natal, ele espera por algo que faça com que a sua crença da figura natalícia volte. De repente ele ouve um grande barulho, de fora de sua casa. O jovem vê então à sua frente um gigante comboio com destino ao Pólo Norte, cujo condutor o convida para embarcar. Após certa relutância numa verdadeira montanha-russa que o levará para cima e para baixo através de montanhas, campos gelados e pontes gigantescas, saboreando chocolate quente. Ele está a bordo do Polar Express!

O ex-condenado Isaiah Bone é a nova força no cenário das lutas de rua de Los Angeles. Depois de cinco anos na prisão, está pronto para começar uma nova vida. Quando ele derrota o campeão que reinava no underground, o chefe da máfia local tenta introduzir Bone numa série de lutas internacionais de alto risco. Ele recusa e inicia um confronto explosivo entre inimigos poderosos que tem muito a perder neste jogo mortal.

Os rumores de uma mudança política ecoam no Capitólio, e o Presidente é considerado um alvo a abater por uma facção radical de dissidentes mesmo no seio do Governo dos Estados Unidos. Apenas duas pessoas estão entre a liberdade e a anarquia: Augustus Gibbons, acaba de sobreviver a um ataque à sede da NSA – National Security Agency, e está em fuga. O outro, um soldado condecorado das Operações Especiais, Darius Stone, encontra-se encarcerado numa prisão militar. Mais uma vez, Gibbons terá de recrutar um desconhecido e Stone é o homem. O novo Agente XXX irá enfrentar os revoltosos do Governo. Nele reside a única esperança de evitar o primeiro golpe de estado da história dos EUA.

Cassius Clay (Will Smith) era um grande lutador nos ringues de boxe e uma pessoa inteligente fora deles, onde impressionava pelo seu fácil palavreado. Ele logo se tornou uma das principais personalidades do esporte mundial nos anos 60, principalmente após se converter ao islamismo, trocar seu nome para Muhammad Ali e se recusar a lutar na Guerra do Vietnã

Um jovem cantor vira as costas para Deus e a igreja de seu pai quando ocorre uma tragédia. Ele volta anos depois para encontrar a congregação outrora poderosa em desordem. Com seu inimigo de infância criando uma "nova visão" para a igreja, ele é forçado a lidar com a turbulência da família, o suicídio na carreira e os problemas de relacionamento que o colocam em rota de colisão com redenção ou destruição.