O inspetor Zenigata foi removido da caixa de Lupin, o que o deixou desanimado, e ele acabou bebendo com Lupin e Jigen. Lupin decide que ele e sua gangue devem trabalhar com Zenigata para resolver seu novo caso, investigando um grupo de traficantes de armas conhecido como Shot Shell. Lupin reúne seus parceiros (Jigen, Goemon e Fujiko), e com Zenigata eles roubam um submarino russo. Eles sequestram uma cientista chamada Karen Korinsky para ajudá-los a operar o submarino e também para protegê-la do Shot Shell. Enquanto isso, o ICPO atribui um homem chamado Keith Hayden ao caso Lupin e, ao contrário de Zenigata, ele quer Lupin e seu grupo mortos. Onde quer que Lupin e seus amigos vão, Keith segue, enquanto o oficial tenta pegá-los um por um.