Inspirado em uma história real, conta a história do excêntrico gênio, Walter O'Brien, e de sua equipe composta por um bom comportamentalista (Behaviorismo), Toby um médico formado em Harvard, Sylvester, uma calculadora humana e Happy, um do prodígio da mecânica. Todos são pessoas ótimas de espírito, mas que não conseguem se socializar com a maioria das pessoas e por isso recebem a ajuda de uma ex atendente de lanchonete chamada Paige que tem um filho que também é gênio, chamado Ralph. Quando um problema sério surge no espaço aéreo americano o agente Cabe Gallo resolve recrutar a equipe de gênios, já que não existe nenhuma outra equipe capaz de resolver o problema. A partir daí, e agora com o apoio do governo, eles se tornam oficialmente a equipe Scorpion e transformam-se na última linha de defesa contra ameaças complexas ao redor do mundo.

Com a chegada de um novo capitão, o brilhante mas imaturo detetive de Brooklyn Jake Peralta tem de aprender a seguir as regras e a trabalhar em equipa.