A cidade precisa de heróis. A escuridão instalou-se em Nova Iorque desde que Shredder colocou o seu punho de ferro em todo o lado. O futuro é cruel até quatro improváveis irmãos se erguerem dos esgotos e descobrirem o seu destino como Tartarugas Ninja. Estes heróis mutantes vão ter de trabalhar com a destemida repórter April O’Neil para salvar a cidade e travar os planos diabólicos de Shredder.

Enquanto invadem o ambiente hostil da Central da TCRI, as tartarugas descobrem a verdadeira intenção dos Kraang e decidem impedir a invasão dos aliens de uma vez por todas.