O filme foca em Tomoya, um rapaz que vive com seu pai e tem desgosto pela vida, desde a morte de sua mãe. Quando, em um belo dia de sol, ele vai para o que seria mais um dia chato na escola, quando ele encontra Nagisa, que faz seus dias sombrios se tornarem mais iluminados e cheios de vida.

Na remota ilha de Southern Cross, uma organização secreta chamada The Glittering Crux planeja reativar roupas móveis gigantes que foram lacradas por séculos. Conhecidos como cybodies, eles só podem ser controlados por pilotos identificados como pilotos-estrela. Para liberar todo o seu poder, o misterioso grupo deve quebrar os selos das quatro donzelas do santuário que residem na ilha. O estrangeiro recém-chegado Takuto Tsunashi promete parar o Crux Brilhante, a fim de proteger Wako Agemaki, garota que salvou sua vida e é uma das quatro donzelas. O casal melancólico se torna um trio radiante, pois Takuto se torna não apenas seu amigo, mas protetor dos selos, já que ele não é outro senão o Galactic Pretty Boy, o talentoso motorista estrela de Tauburn, o 22.º cybody.

Midoriya e All Might recebem um convite para a exposição mais importante do mundo em tecnologia para Super-Heróis. Quando alguns vilões invadem o sistema de segurança da exposição e um plano sinistro é colocado em ação, eles terão que agir rapidamente.

A estação é outono e a cidade de Neo-Venezia está coberta de folhas caídas. Algo está incomodando Anya, que trabalha no Orange Planet. Suas colegas mais velhas, Alice e Athena, não se viram devido à agenda lotada, o que está fazendo Athena Mas, por algum motivo, Alice parece evitá-la completamente. Com a ajuda de suas amigas Ai e Azusa, Anya tenta encontrar uma maneira definitiva de Alice e Atenas se encontrarem. Mas durante esse tempo, Anya fica sabendo de uma situação que só ela pode ver por causa de onde ela está.

Izuku, Bakugo e o resto dos alunos da Turma A da Academia de Heróis terão de unir forças mais uma vez para enfrentar o vilão, Nine. Numa noite fria de inverno, no meio da neve, algo acorda silenciosamente e sai da zona onde os heróis e a Aliança dos Vilões se enfrentam...enquanto isso, Izuku e os outros alunos da Academia de Heróis são enviados para trabalhar como heróis, para uma ilha quente no sul do Japão, onde também aproveitam para relaxar. No entanto, essa calma é perturbada pelo aparecimento de um grupo de vilões que começa a destruir as habitações da ilha.

A Neo-Venezia atingiu um longo inverno. Ai, Azusa e Anya, que praticavam juntas no frio, visitam o Museu Ondine, liderado por Akira, que parece não ser o normal. No museu, o trio conhece seu diretor, Asuka, que é o mais velho de Akira, conhecido como a lendária ondina de Himeya. Os dois são os sucessores de uma gôndola que foi cuidadosamente transmitida desde a fundação da Himeya Company. Porém, Akira revela que Aika, que deverá herdar a gôndola, não tem intenção de fazê-lo. Azusa, que não está convencida, tenta descobrir o porquê.

Após um eclipse solar total, uma sinistra trupe circense aparece, Mamoru é acometido por uma misteriosa doença e coisas más começam a acontecer por toda a cidade.

Ao cuidado das Guardiãs Exteriores, Hotaru envelhece a ritmo acelerado. Entretanto, chega o momento de todas as Guardiãs voltarem a unir esforços!

Sob as doutrinas da Teoria do Juízo Final Quirk, o grupo ideológico Humarise está convencido de que todos os humanos com peculiaridades estão doentes e devem ser erradicados. Para reconstruir o mundo, os extremistas do grupo construíram um dispositivo letal conhecido como “Bomba Gatilho”, que faz com que pessoas com peculiaridades percam o controle e morram. Seu líder, Flect Turn, evita a captura dos Pro Heroes implantados em todo o mundo. Durante seu estudo de trabalho no país de Otheon com o Pro Hero número um do Japão, Izuku “Deku” Midoriya é acusado de um crime que não cometeu. Envolvendo sem querer Roddy Soul, um morador local, Deku logo se vê fugindo com o garoto. Agora cabe a Rody, Deku e os colegas de classe de Deku impedir a trama da Bomba Trigger iniciada por Flect, ao mesmo tempo em que evitam os outros membros persistentes do Humarise.

Filme de encerramento da série anime Gintama, adaptando os capítulos finais da série mangá escrita por Hideaki Sorachi. O filme cobre os capítulos 699-704 do mangá original, com material original adicionado.