Black Ghost, uma sociedade secreta que manipula todas as ações globais através do submundo, ambiciona levar as guerras, que caminham lado-a-lado com a humanidade desde seu nascimento, para o espaço. Para isso, inicia-se o projeto ciborgue, que consiste na produção de super-soldados para serem usados como armas por Black Ghost. No entanto, uma das mentes brilhantes por trás do projeto, o professor Isaac Gilmore, é atormentado por sua consciência a abandonar o projeto e assim organiza uma rebelião que visa a libertação dos 9 protótipos 00. Joe Shimamura é o protagonista da história que se inicia quando este se junta ao grupo rebelde que decide então utilizar de suas novas aprimoradas habilidades para se voltar contra seus próprios criadores e dar um fim ao período de caos e destruição propagado por Black Ghost. Em meio as suas aventuras, Joe e seus companheiros biônicos ainda se envolvem em conflitos com cientistas megalomaníacos que brincam de Deus em suas experiências na área de genética, terroristas do Oriente Médio, visitantes do futuro, mitos trazidos a vida pelo avanço da tecnologia, habitantes de civilizações perdidas e até cultos religiosos com fins inescrupulosos, tudo isso enquanto lidam com seu drama pessoal por terem sido privados de sua humanidade para serem convertidos em armas de destruição em massa. Agora eles buscam compensar sua existência lutando pela paz e justiça.

Gon, um rapaz de 12 anos vive numa ilha e convive com a natureza. O seu pai deixa-o e quem cuida de Gon é a sua tia. A razão pela qual o pai de Gon o deixou foi para se tornar num Hunter, que é sinonimo de poder e riquezas em um novo mundo totalmente diferente. Gon cresce com o desejo de encontrar o seu pai, de se tornar num Hunter também, e assim um dia sai da ilha, começando assim uma grande jornada cheia de aventuras.