Fox Mulder e Dana Scully são dois agentes do FBI. De visões opostas sobre certos aspectos (ele acredita no sobrenatural, ela é cientista; ele é descrente, ela é religiosa), os dois fazem parceria na investigação de casos que desafiam a Lógica e a Ciência, entrando no campo do Sobrenatural. Mas Mulder e Scully vão também descobrir uma tenebrosa conspiração, que dura há décadas, que visa esconder a existência de vida extraterrestre. Uma conspiração que vai revelar contornos muito próximos a ambos.

My little Pony ocorre na terra de Equestria, povoada por póneis de várias espécies (incluindo variantes de Pegasus e Unicórnios), juntamente com outras criaturas sensíveis e não-sensíveis. O programa centra-se na personagem de Twilight Sparkle, um pónei unicórnio enviado pela sua mentora e governante de Equestria, a Princesa Celestia, para a cidade de Ponyville para estudar a magia da amizade.

No mundo alternativo de Equestria, as póneis transformaram-se em jovens raparigas que têm de aprender a ser humanas enquanto frequentam a escola de Canterlot.