Uma unidade da polícia japonesa que usa robôs antropomórficos gigantes (chamados Labors) está envolvida em uma disputa política entre as autoridades civis e militares quando um ato terrorista é atribuído a um jato da Força Aérea. Com a ajuda de um agente do governo, a equipe se aproxima de um líder terrorista para impedir que as coisas saiam do controle quando os militares são forçados a impor a lei marcial.

Treze anos depois da guerra, o exército de Neo Zeon ameaça a paz. Armado com o Nu Gundam, Amuro Ray e as Forças Federais voltam mais uma vez à batalha.

A aventura começa com o aparecimento de Mewtwo, um Pokémon bio-genético criado a partir do DNA de Mew, o mais raro e poderoso Pokémon. Determinado em provar a sua superioridade, Mewtwo desafia Ash, Pikachu e todos os outros para um combate nunca antes visto. Mewtwo contra Mew. Super-Clones contra Pokémon. Este é o derradeiro combate... onde o futuro da humanidade está em jogo!