Umi Matsuzaki cuida dos irmãos e da avó, além de trabalhar e estudar. Quando ele conhece Shun Kazama, nasce uma profunda amizade entre eles, pois, juntos, vão defender um velho edifício que será demolido por causa das Olimpíadas de Tóquio de 1964.

Dez anos depois da grande luta, Munakata Hiroya líder do grupo yakuza Munakata-gumi se reúne com Takashi, seu irmão mais novo, após a sua libertação da prisão. Quando a filha de Takashi, Hyuga foge de casa, em protesto contra o ver seu pai, os dois, juntamente com o subordinado de Munakata, Shinya vçao para ilha Zeni atrás dela, onde eles encontram algo que eles nunca esperavam.

A história decorre seis meses após os eventos originais do mangá Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre o que irão fazer no futuro. Enquanto isso, Kaiba Seto comanda uma escavação para recuperar as peças do Quebra-Cabeça do Milênio das ruínas da câmara do Milênio. A relíquia anteriormente continha a alma de seu rival, Atem, que ele espera ressuscitar para o enfrentar. A escavação é interrompida por um homem misterioso, que enfrenta Kaiba numa partida de Monstros de Duelo e rouba duas peças do Quebra-Cabeça. Qual é seu verdadeiro motivo? As apostas nunca estiveram tão altas; as rivalidades nunca tão ferozes; os riscos nunca tão grandes.