O inspetor Zenigata foi removido da caixa de Lupin, o que o deixou desanimado, e ele acabou bebendo com Lupin e Jigen. Lupin decide que ele e sua gangue devem trabalhar com Zenigata para resolver seu novo caso, investigando um grupo de traficantes de armas conhecido como Shot Shell. Lupin reúne seus parceiros (Jigen, Goemon e Fujiko), e com Zenigata eles roubam um submarino russo. Eles sequestram uma cientista chamada Karen Korinsky para ajudá-los a operar o submarino e também para protegê-la do Shot Shell. Enquanto isso, o ICPO atribui um homem chamado Keith Hayden ao caso Lupin e, ao contrário de Zenigata, ele quer Lupin e seu grupo mortos. Onde quer que Lupin e seus amigos vão, Keith segue, enquanto o oficial tenta pegá-los um por um.

Três estátuas são a chave para encontrar o tesouro de 8 bilhões de dólares de Harimao. Tendo adquirido uma das estátuas, Lupin se torna um aliado improvável do agente britânico aposentado Lord Archer e de sua neta Diana. Apenas Archer sabe onde encontrar a figura restante, mas o grupo Neo-Himmel busca o tesouro para financiar seus próprios planos. Quem vai reclamar as riquezas de Harimao?

O simples roubo de diamante leva Lupin às maquinações de um culto bizarro. O culto é baseado em torno das profecias de Nostradamus, e eles sequestram Julia, a filha de Douglas, um americano rico que está a candidatar-se a presidência da America, junto com o diamante de Lupin. Em jogo está o livro perdido das profecias de Nostradamus que Douglas mantém no cofre no topo de seu arranha-céu.

Lupin está de olho no tesouro nacional do país de Zufu, colocado em segurança em uma misteriosa ilha flutuante pelo falecido rei do país. O mecanismo de defesa superinteligente da ilha, no entanto, prova ser demais para Lupin, Jigen e Goemon controlarem sozinhos. A chave parece estar ligada à princesa de Zufu, o único sobrevivente da família real. Ela é mantida prisioneira pelo atual governante de Zufu, o General Headhunter, que recentemente conquistou o governo do país quando secretamente deu um golpe de Estado e executou o rei e o príncipe do país. Quando a gangue de Lupin sequestra a princesa para conseguir a chave, eles criam problemas por meio de um agente policial Zufu mortal chamado Olèander e uma recompensa de um milhão de dólares colocada na cabeça de Lupin pelo psicótico Headhunter. Agora, Lupin deve encontrar um caminho seguro para o tesouro, esquivando-se dos caçadores de recompensas a cada passo.