Kenshin vive tranquilamente com Kaoru e seus amigos, mas é chamado pelo Imperador do Governo Meiji. Dez anos atrás, Shishio Makoto, um ex-assassino tal como Kenshin, havia sido traído, incendiado e deixado para morrer na Batalha de Toba-Fushimi. Ele sobreviveu e vai para Kyoto e se reúne com seus guerreiros numa conspiração para derrubar o novo governo. Contra a vontade de Kaoru, Kenshin aceita relutantemente ir até Kyoto para ajudar a evitar que o país entre em uma guerra civil.

O fanático revolucionário Shishio Makoto zarpa em seu navio couraçado em sua tentativa de iniciar uma guerra civil no Japão para derrubar o Governo Meiji, levando Kaoru com ele. Para impedí-lo a tempo, Kenshin treina com seu antigo mestre para aprender a sua técnica definitiva.