Com o programa espacial, os cientistas do século 21 começaram pesquisas para tornar Marte um planeta habitável aos humanos, assim enviaram baratas como parte das pesquisas de produção de energia em ambientes não propícios à vida. Agora, no ano de 2577, a primeira nave tripulada pousa em Marte e o que eles encontram não é a fonte de energia que os cientistas do passado estavam tentando criar com as baratas, mas sim terríveis mutantes humanoides que podem ameaçar a vida na Terra.

O sobrenaturalmente dotado jovem Touma alia-se à freira Index contra forças malignas que buscam poderosos textos mágicos implantados na mente de Index.

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Mikoto usa a habilidade para controlar eletricidade para ajudar a manter a ordem na Cidade Académica, onde a maioria dos habitantes é composta por alunos com dotes místicos.

A história de comédia romântica desenrola-se à volta do desajustado Hikigaya Hachiman que não tem amigos nem namorada. Um dia ele entra para o clube escolar de entreajuda com a rapariga mais bonita da escola.