Em Karakura, uma repentina eclosão de espíritos chamados blanks (almas errantes) ocorreu, enquanto nos céus da Soul Society, o mundo real foi refletido. Uma misteriosa shinigami de nome Senna apareceu antes de Ichigo, juntamente com um homem chamado Ganryu, liderando um grupo nomeado os Dark Ones.

Alguém com uma foice ataca Mayuri, que estava em seu laboratório. Mayuri subitamente fica fora de controle e acaba acertando o painel de controle de seu laboratório. Com isso, toda a Seireitei fica coberta por uma nuvem de partículas espirituais, aprisionando todos os Shinigamis dentro de um casulo.

Este filme conta um dos finais alternativos de Fate/Stay Night, em que se segue a rota de Rin e o principal servo é Archer

A Guerra pelo Santo Graal: uma batalha violenta disputado entre sete magos, designados Mestres, que invocam os seus respetivos Servos para lutarem a seu lado. O objetivo da guerra é adquirir o Santo Graal, um artefacto omnipotente capaz de conceder qualquer desejo. Há praticamente 10 anos, 500 pessoas morreram no rescaldo da última Guerra pelo Santo Graal na Cidade de Fuyuki. O Emiya Shirou conseguiu sobreviver graças ao seu pai adotivo, Emiya Kiritsugu, e aspira ser um justiceiro tal como Kiritsugu. Embora seja apenas um estudante, foi-lhe concedido um lugar como Mestre na 5.ª Guerra pelo Santo Graal, após ter presenciado uma batalha entre Servos e ter invocado um para si. Emiya Shirou alia-se a Toosaka Rin, sua colega e também participante na Guerra, em busca de resolver uma ameaça que paira sobre a Cidade de Fuyuki.