As vidas de Keiichi e de Belldandy estavam prosseguindo de forma agradável até que Celestine (velho mentor de Belldandy) aparece em cena. Tendo escapado de sua prisão, Celestine deseja acabar com o corrupto sistema criado por Deus e criar uma nova ordem baseada em sua própria concepção. Mas para isso, necessitará da ajuda de Belldandy. A resposta para tudo encontra-se escondido e esquecido dentro de suas memórias. Após iniciar seus planos contra o Paraíso, Skuld e Urd tentarão para-lo, tanto para conservar o Paraíso quanto o amor entre Keiichi e Belldandy.

Existiu em tempos um pirata que era conhecido como o "Woonan, o Grandioso Pirata do Ouro", que obteve praticamente um terço do ouro existente em todo mundo. Com o passar dos anos a sua existência desvalorizou-se, e nasceu a lenda de que ele teria desaparecido na posse de todo o seu ouro rumo ilha desconhecida, uma ilha cujo piratas continuam à procura. A bordo do "Going Merry", Luffy e a sua tripulação, esfomeados e despreocupados, são roubados. E na tentativa de recuperar o seu tesouro roubado, destroem o navio em fuga, comandado por um jovem rapaz, Tabio, pirata pertencente à Tripulação "El Drago". A paixão pelo ouro de "El Drago" conduziu-o a procurar a Ilha de Woonan, e graças ao mapa de tesouro de Woonan, ele acaba por o encontrar. Por esta altura, a tripulação de Luffy separa-se, e apesar de terem os seus próprios problemas para resolver, eles têm, apesar de tudo, de impedir que "El Drago" obtenha esse ouro.

Os Tamers estão em férias de verão e estão separados. Takato visita o seu primo Kai em Okinawa com o Guilmon, Henry investiga ruínas subaquáticas em Yonaguni com Terriermon e Rika fica para trás com Renamon para defender a sua cidade de Digimon invasores. Um Digimon maligno conhecido como Mephismon aparece e começa um plano que envolve a mania do novo animal de estimação digital conhecido como V-Pet para desativar as comunicações em todo o mundo e permitir que os Digimon atravessem livremente para o mundo real.