Ambientado em um mundo de fantasia gótico, esta é a história de Teito Klein, um escravo órfão que se tornou o melhor estudante da academia militar. Entretanto, uma reviravolta inesperada o fez ser perseguido pelas forças do Império Barsburg. Agora um criminoso fugitivo, Teito é abrigado pela igreja e sua lei de refúgio. Aqui, ele descobriu muitos mistérios envolvendo ele mesmo, a igreja e até o Império. O fato dele poder estar conectado ao rei destronado e à mística pedra de Deus, “O Olho de Michael” lhe tornou alvo do império mais que nunca. Felizmente a igreja está sob a proteção dos míticos 7 Fantasmas. Mas quem são estes fantasmas? Teito se libertará do domínio militar? E a sua dita missão para descobrir a história? E quem exatamente é o General do exército Ayanami? Parece que o futuro de Teito girou inesperadamente para um caminho perigoso.

O jovem eremita Kazuma morre de forma desonrosa. A deusa Aqua oferece-lhe a reencarnação num mundo de fantasia como o dos jogos, e ele aceita… levando-a consigo.

Quando um demônio metamorfo com sede de carne humana, conhecido como "youma", chegam à vila de Raki, uma mulher solitária com olhos prateados entra na cidade com apenas uma espada nas costas. Ela é uma "Claymore", um ser fabricado, meio humana e meio "youma", com o único propósito de exterminar estes monstros. Depois de a família de Raki ser morta, a Claymore salva-o, para posteriormente ser banido da aldeia. Sem ter para onde ir, Raki procura a Claymore, conhecida como Clare, e decide segui-la nas suas jornadas. Enquanto a dupla viaja de cidade em cidade, derrotando "youmas" ao longo do caminho, mais informações sobre a organização de Clare e das seas companheiras vem à tona. Com cada cidade limpa e cada demônio destruído, eles se aproximam do "youma" que a Clare procura vingança desde que ela escolheu se tornar uma Claymore.