E se Jesus e Buda estivessem vivendo na Terra atualmente? E se eles compartilhassem um apartamento no Japão? Saint☆Young Man é uma série sobre o dia-a-dia de Jesus e Buda, morando juntos no Japão dos dias de hoje.

Na história, a humanidade perdeu muito do seu terreno desenvolvido devido ao aquecimento global na primeira metade do século 21. Então, uma “Fleet of Fog” carregado com super armas começa a aparecer em todo o mundo. Sem a capacidade de resistir a esta frota, a humanidade foi derrotada e já não podia viajar pelos mares. 17 anos após a guerra naval devastadora, Gunzo Chihaya e seus amigos de alguma forma conseguem comandar uma Fleet of Fog.

História original, que ocorre após os eventos do primeiro filme.