Passaram seis anos desde que Taichi "Tai" Kamiya e os seus amigos atravessaram pela primeira vez para o Mundo Digital e se associaram ao seu Digimon, mas agora há uma nova ameaça de Digimon infetado que está a criar o caos na cidade.

Os Digimon estão de volta a este mundo, mas isso não significa que tudo esteja bem. Joe tem evitado batalhas com o Digimon para se adaptar ao mundo normal. E Digimon infetados ainda estão em fúria...

Tai e os seus amigos são assombrados pela infeção que resultou na destruição de Leomon. Agora, todos os Digimon estão em quarentena, na esperança de que as respostas possam ser encontradas e a infeção possa ser interrompida.

Após o reboot, o DigiEscolhidos devem tentar reconectar-se com o seu Digimon.

A chegada do super poderoso Meicoomon dá início a uma contagem regressiva para o colapso do mundo real.

Passaram dez anos desde o Verão em que o Tai, o Agumon e os outros viveram a sua aventura no Mundo Digital. A existência das Crianças Eleitas tem sido gradualmente reconhecida pelo mundo inteiro, e ver Digimon no mundo real tornou-se em algo menos invulgar. E agora, os amigos seguiram os seus próprios caminhos. Entretanto, quando um Digimon chamado Eosmon começa a causar incidentes por todo o mundo às Crianças Eleitas, Menoa e Imura, especialistas que estudam os Digimon, pedem ajuda ao grupo.

Há uma nova ameaça de um misterioso e recém-formado Digimon. Os DigiEscolhidos têm de estar unidos para salvar os seus amigos e o nosso mundo. Quem sabe o que o futuro reserva para os DigiEscolhidos, enquanto se preparam para a sua maior batalha de sempre.