Naruto Shippuuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter ficado para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!

Okazaki Tomoya é um delinquente que vê a vida como enfadonha e, juntamente com o seu amigo, Youhei Sunohara, pretendem baldar-se às aulas e aproveitar a vida de estudantes. Porém, um dia, este depara-se com uma estranha rapariga aclamando "Pão doce!" numa colina em direção à escola. A atitude sem precedentes desta rapariga, Nagisa Furukawa, desperta o interesse do nosso protagonista e esta acaba por lhe contar que possui um certo objetivo em mente. Contudo, a vida é feita de obstáculos e, com a aparição de quatro personagens, Tomoya aperceber-se-á disso. Qual será o objetivo de Nagisa? Que obstáculos esperam o nosso duo? Quem são estas quatro personagens?

Já há mil anos desde que Gauna, uma estranha raça alienígena sem nenhum meio comunicativo, destruiu o sistema solar. Uma parte da humanidade conseguiu fugir usando enormes "naves-semente" como o Sidonia, que permitiram manter a população salva no espaço. Nagate Tanizake é um jovem que cresceu nos porões dessa nave. Quando ele começa a treinar para pilotar enormes robôs conhecidos como Gardes, Nagate é instruído a pilotar uma unidade lendária chamada Tsugumori. Nagate e seus companheiros colocam suas vidas em risco contra os Gauna, numa batalha pela sobrevivência da humanidade!

A história de Yuru Camp segue duas jovens: Rin, que gosta de acampar sozinha pelos lagos com vista para o Monte Fuji; e Nadenshiko que adora praticar ciclismo sozinha, por locais onde também possa ver o Monte Fuji. Eventualmente, os caminhos destas duas jovens cruzam-se e começam a fazer estas atividades com a companhia uma da outra.

Certo dia, Naho Takamiya recebe uma carta escrita por ela dez anos no futuro. A carta relata os eventos exatos daquele dia, incluindo a informação da chegada de um novo aluno transferido chamado Kakeru Naruse. A Naho do futuro declara vezes sem conta que tem inúmeros arrependimentos e que os quer resolver. Para isso, ajuda a Naho do presente a tomar as decisões acertadas, especialmente sobre o Kakeru. O mais chocante é quando descobre que, dentro de dez anos, o Kakeru já não estará entre eles.

Kenzou Tenma tem uma habilidade inacreditável como cirurgião cerebral, uma noiva linda e rica e uma promissora carreira. Entretanto, após ficar desiludido com as políticas impostas em seu hospital, decide salvar a vida de um jovem garoto que foi baleado na cabeça a salvar a vida do prefeito da cidade, já que o garoto havia chegado primeiro, contrariando o alto escalão do hospital. Por conseqüência, perde o apoio que tinha do diretor do hospital, assim como sua posição no hospital e sua noiva. Pouco tempo depois, o diretor do hospital e os médicos que o substituíram são misteriosamente assassinados e mais uma vez ele volta para o topo onde estava. Mas como suspeito de chefiar os assassinatos, Tenma inicia um processo para limpar seu nome e corrigir os erros do passado, indo ao fundo desses e outros assassinatos e investigar a verdade atrás do monstro por de trás de tudo isso.