Os cosmos de Poseidon, Abel e Éris, todos mandados ao inferno pelos Cavaleiros de Bronze, são usados para reviver Lúcifer, o mais cruel dos demônios. Decidido a se vingar de Atena, Lúcifer resolve destruir a Terra e enfrenta os Cavaleiros de Bronze.

Após a destruição da maior parte da Terra pelo homem num evento conhecido como "Sete Dias de Fogo", os sobreviventes vivem em pequenas comunidades espalhadas pelo planeta. Uma dessas comunidades é o Vale do Vento, onde a princesa Nausicaä estuda - ao invés de combater como todos - a Floresta Tóxica, dominada por insetos gigantes e plantas tóxicas, que têm vindo a invadir as últimas cidades que restam.

Dois anos após os eventos do Galaxy Express 999, a Terra torna-se um campo de batalha e Tetsuro mais velho e lutando contra o povo máquina é convocado para embarcar a bordo do GE999 mais uma vez. Nesta completa conclusão teatral da história épica de Leiji Matsumoto, todas as perguntas serão respondidas e todos os mistérios serão revelados enquanto Tetsuro embarca em uma jornada que revelará um segredo tão horrível que até a própria Maetel mal consegue falar sobre isso.

Quando os mares da Terra se extinguiram, todos afirmaram que a humanidade teve seu tempo... Houve, porém, alguns que voltaram os olhos para o mar infinito que se abria sobre suas cabeças e, deplorando o caminho que haviam trilhado à humanidade, acreditaram com fé inabalável num futuro novo e brilhante para os homens... Foram eles que partiram então para esse novo mar infinito: o Espaço. As pessoas zombavam desses homens que, em uma demonstração de coragem incomparável, embarcaram em uma nova aventura. Eles os chamavam de delirantes e consideravam que estavam fora da lei por perseguir um sonho impossível... Essa é uma história daquela época... Era o ano de 2977...