Num futuro próximo o mundo encontra-se totalmente computorizado. Seres humanos com interfaces e cérebros artificiais fundem-se com máquinas dando lugar a um nível de existência entre o mundo físico e a rede digital. Para combater os crimes relacionados com as novas tecnologias foi criada uma força de choque antiterrorista com indivíduos 'melhorados' capazes de perseguir tantos os criminosos do mundo físico como os do mundo virtual.

No ano de 2301, no antigo planeta Marte, agora denominado Aqua, surge a cidade de Neo-Veneza, um paraíso turístico onde as pessoas viajam a pé ou em gôndolas. Os gondoleiros profissionais, chamados Ondines, são muito apreciados, pois além do transporte oferecem passeios turísticos pela cidade, uma cópia exata da Veneza da Terra. Akari Mizunashi é um gondoleiro estagiário que trabalha na corporação Aria, empresa administrada pela charmosa Alicia. Akari, graças ao seu caráter gentil e meigo, encontrará muitos turistas e colegas de trabalho, num ambiente de tranquilidade e paz, que Neo-Venecia testemunhará.

Okazaki Tomoya é um delinquente que vê a vida como enfadonha e, juntamente com o seu amigo, Youhei Sunohara, pretendem baldar-se às aulas e aproveitar a vida de estudantes. Porém, um dia, este depara-se com uma estranha rapariga aclamando "Pão doce!" numa colina em direção à escola. A atitude sem precedentes desta rapariga, Nagisa Furukawa, desperta o interesse do nosso protagonista e esta acaba por lhe contar que possui um certo objetivo em mente. Contudo, a vida é feita de obstáculos e, com a aparição de quatro personagens, Tomoya aperceber-se-á disso. Qual será o objetivo de Nagisa? Que obstáculos esperam o nosso duo? Quem são estas quatro personagens?