Kenshin Himura era um samurai que trabalhava a serviço do Império, mas com o fim do xogunato e instauração do Governo Meiji, ele faz a promessa de nunca mais voltar a matar. Quando ele se vê envolvido com uma série de assassinatos e negócios ilícitos relacionados a comercialização de ópio, seu compromisso é posto a prova, assim como a vida das pessoas que ele ama.

O fanático revolucionário Shishio Makoto zarpa em seu navio couraçado em sua tentativa de iniciar uma guerra civil no Japão para derrubar o Governo Meiji, levando Kaoru com ele. Para impedí-lo a tempo, Kenshin treina com seu antigo mestre para aprender a sua técnica definitiva.

Kenshin vive tranquilamente com Kaoru e seus amigos, mas é chamado pelo Imperador do Governo Meiji. Dez anos atrás, Shishio Makoto, um ex-assassino tal como Kenshin, havia sido traído, incendiado e deixado para morrer na Batalha de Toba-Fushimi. Ele sobreviveu e vai para Kyoto e se reúne com seus guerreiros numa conspiração para derrubar o novo governo. Contra a vontade de Kaoru, Kenshin aceita relutantemente ir até Kyoto para ajudar a evitar que o país entre em uma guerra civil.

Em 2599, a Terra está em um grave estado de superpopulação. Felizmente, os cientistas enviaram quantidades extraordinárias de musgo e baratas a Marte há 500 anos, a fim de torná-lo apto para a vida humana.Embora os resultados tenham sido relativamente positivos, a primeira tentativa de colonização falhou dramaticamente.O governo está agora preparando uma segunda missão ultra-secreta liderada pelo instável Ko Honda, cuja equipe escolhida a dedo é composta de criminosos atraídos pela promessa de liberdade e uma recompensa em dinheiro em seu retorno.Eles permitiram algumas modificações genéticas, concedendo-lhes as características de vários insetos.

Em 1879, Kenshin e os seus aliados enfrentam o seu mais difícil desafio até à data: a vingança de Enishi Yukishiro, o seu antigo cunhado, e os sequazes dele.