Num reino mítico, os poderosos Cavaleiros Imperiais utilizam uma substância mágica conhecida como Aer para alimentar as suas armas e proteger a humanidade dos monstros da floresta. Mas algo estranho está acontecendo; o Aer está de alguma forma mudando, fazendo com que a natureza selvagem desapareça e incitando as feras da floresta a atacar com maior frequência. À medida que o perigo se aproxima cada vez mais da civilização, dois jovens recrutas - Flynn, o filho rígido de um herói caído, e o rebelde e impetuoso Yuri - devem cavalgar com seus companheiros Cavaleiros Imperiais até ruínas distantes na esperança de descobrir a verdade por trás do transformador Aer.

A Guerra pelo Santo Graal: uma batalha violenta disputado entre sete magos, designados Mestres, que invocam os seus respetivos Servos para lutarem a seu lado. O objetivo da guerra é adquirir o Santo Graal, um artefacto omnipotente capaz de conceder qualquer desejo. Há praticamente 10 anos, 500 pessoas morreram no rescaldo da última Guerra pelo Santo Graal na Cidade de Fuyuki. O Emiya Shirou conseguiu sobreviver graças ao seu pai adotivo, Emiya Kiritsugu, e aspira ser um justiceiro tal como Kiritsugu. Embora seja apenas um estudante, foi-lhe concedido um lugar como Mestre na 5.ª Guerra pelo Santo Graal, após ter presenciado uma batalha entre Servos e ter invocado um para si. Emiya Shirou alia-se a Toosaka Rin, sua colega e também participante na Guerra, em busca de resolver uma ameaça que paira sobre a Cidade de Fuyuki.

Em uma realidade alternativa alguns meninos chamados kildren são geneticamente modificados e se destinam a viver em uma eterna adolescência, nunca envelhecendo. Os Kildren estão cientes de que todos os dias podem ser seus últimos dias: seus papéis são os de peões de um jogo de guerra organizado por adultos.

Um garoto chamado Kotarou está sendo perseguido por uma guarda chinesa misteriosa, e foge acompanhado de seu cão Tobimaru. Kotarou segue sozinho em seu caminho até se encontrar com o espadachim Nanashi num mosteiro abandonado. Um tanto para se redimir de um passado terrível, Nanashi acaba por acompanhar Kotarou na sua viagem, protegendo-o.

Um dia, as Pretty Cures recebem um convite para uma festa em sua homenagem. Todos estão indo para o local da festa, a escola das fadas, mas aguardam uma sombra misteriosa. A sombra rouba objetos de transformação! O que é que eles podem fazer? Se as Curas não puderem ser convertidas, estarão em apuros! Se isso continuar, a escola, nosso mundo e tudo mais serão devorados por aquela sombra! As 32 Pretty Cures lutarão para proteger a todos!